Comme nous l'avons déjà détaillé dans une rubrique précédente, l'objectif est de conserver des espèces et habitats déclarés comme étant d'intérêt communautaire.
Sur les Zones de Protection Spéciales, les espèces visées sont spécifiquement les oiseaux remarquables (ex : l'outarde canepetière en Poitou-Charentes).
Sur les Zones Spéciales de Conservation, les enjeux sont plus variés et sont fonctions de la typologie de site.
- L'enjeu de conservation peut tout aussi bien concerner une ou plusieurs espèces phares (ex : écrevisse à pattes blanches dans les sites rivière).
- Dans certains cas cela peut être un habitat spécifique qui peut faire l'objet de la désignation (ex : landes, pelouses sèches, etc.)
Toutefois dans la majorité des cas les enjeux habitats et espèces sont interconnectés et interdépendants.