Natura 2000 en France fonctionne suivant le modèle :
- Un gestionnaire du site désigné à la création.
– Collectivité territoriale ou groupement.
– Par défaut le Préfet de département.
- Un Comité de pilotage
– Ensemble des acteurs locaux (élus, propriétaires, scientifiques, agriculteurs)
- Une Structure opératrice désignée par appel d’offre par le comité de pilotage.
– Collectivités (communauté de communes, communes, syndicats de rivière, etc.)
– Associations.
La structure opératrice est chargée de la rédaction d’un Document d’Objectifs (DocOb) et de sa mise en œuvre concertée.
En termes de coordination les autres acteurs impliqués dans la gestion des sites Natura 2000 au niveau français sont :
- l'Etat via ses Directions Départementales des Territoires (DDT) conserve la gestion des sites Natura 2000 marins et mixtes, l'instruction des évaluations des incidences, les Mesures Agro-Environnementales Climatiques, le rapportage de la politique Natura 2000 auprès de la Commission européenne. Les Directions Régionales de l'Environnement de l'Aménagement et du Logement (DREAL) conservent le suivi de la désignation de nouveaux sites ou leur extension et les appels à projet sur les suivis biologiques.
- les Régions : la Région Nouvelle-Aquitaine est devenue autorité de gestion des sites Natura 2000 terrestres de son territoire au 1er janvier 2023 (loi 3DS).
- l'Office Français de la Biodiversité est de le référent national technique et scientifique du réseau Natura 2000 (avec l'appui du service PatriNat regroupant les équipes du CNRS, de l'OFB e du MNHN).