La base fondatrice du réseau Natura 2000 est la création de deux directives européennes à finalité de conservation environnementale.
1) La directive 79/409/CEE du 2 avril 1979 dite directive "Oiseaux" remplacée par la directive 2009/147/CE du 30 novembre 2009 apportant quelques modifications et codifications.
La finalité de cette directive est d'assurer l'engagement des Etats membre de l'Union européenne à assurer la protection et la conservation des populations d'oiseaux menacés. Pour ce faire les espèces visées sont listées dans différentes annexes en fonction du niveau de menace. Les espèces les plus menacées, listées en annexe I, impliquent la création de Zones de Protection Spéciale (ZPS).
2) La directive 92/43/CEE dite directive "Habitats, Faune, Flore" du 21 mai 1992.
La finalité de cette directive est là même que celle "oiseaux" mais étendue aux habitats et autres espèces (hors oiseaux) dites d'intérêt communautaire. AInsi les espèces listées à l'annexe II de cette directive et les habitats listés à l'annexe I justifient la désignation de Sites d'Importance Communautaires (SIC) pouvant devenir des Zones Spéciales de Conservation (ZSC) après arrêté ministériel.