Les enjeux du site sont nombreux.
Il s'agit tout d'abord de garantir la pérennité des espèces patrimoniales mises en évidence sur le bassin versant en leur garantissant la conservation d'un biotope favorable.
D'autre part, les habitats remarquables observés sur le site doivent faire l'objet d'une vigilance toute particulière du fait de leur fragilité.
De manière transversale, l'enjeu de la qualité de l'Eau est toujours présent à plus forte raison encore du fait que le Magnerolles est un des derniers affluents de la Sèvre Niortaise en amont du captage de La Corbelière.
De manière plus générale et au dela des enjeux de patrimonialité, c'est l'intégralité de la composante bocagère du site (haies, arbres têtards, mares, rivière et sources) qui doit faire l'objet d'une vigilance particulière de sorte à ne pas bouleverser les équilibres et conserver un biotope et des paysages de qualité en conciliation avec les activités humaines sur le secteur.